Peu après leur départ de Madagascar à bord d'un avion de fabrication artisanale devant les ramener au zoo de New York, Alex le lion, Marty le zèbre, Melman la girafe et Gloria l'hippopotame font un atterrissage d'urgence dans une contrée africaine inconnue. Au fil de leur errance, chacun reprend contact avec ses racines. À commencer par Alex qui, enlevé jadis par des braconniers, retrouve son père, roi d'une communauté bien établie. Voyant d'un mauvais oeil l'arrivée de cet héritier, un rival du souverain l'invite à participer à un combat censé dévoiler la force physique du prochain maître de la savane. Croyant naïvement qu'il s'agit d'une compétition de danse, le jeune lion accepte.